Agriculture moderne et santé : le lien invisible entre sols dégradés et microbiotes humains

Selon Futura Sciences, la dégradation des sols agricoles sous l’effet de décennies d’intensification menace directement notre santé. Publiée le 3 juillet 2026, cette analyse, signée par Michel Duru, directeur de recherche honoraire à l’UMR AGIR (Inrae), révèle comment l’appauvrissement des terres cultivables et l’alimentation moderne façonnent un microbiote intestinal déséquilibré, favorisant l’émergence de maladies chroniques. Une problématique au cœur de l’approche « One Health », qui relie santé humaine, animale et environnementale.

Des sols malades à des intestins fragilisés

Depuis le milieu du XXe siècle, les pratiques agricoles intensives ont profondément altéré les sols. Les apports réduits en matière organique, les labours profonds et la simplification des paysages ont affaibli leur capacité à nourrir les plantes et à réguler naturellement les maladies. Résultat : les aliments produits sont moins nutritifs et leur richesse microbienne s’amenuise. « Ce que nous mangeons aujourd’hui ne reflète plus la diversité des écosystèmes qui nous entourent », explique Michel Duru. Cette dégradation des sols s’accompagne d’une perte de régulation biologique, rendant les cultures dépendantes d’engrais et de pesticides chimiques.

Or, ces changements ont un impact direct sur notre microbiote intestinal, cet ensemble de milliards de microorganismes logés dans nos intestins. Responsables de la digestion, de la production de vitamines ou encore de la régulation immunitaire, ces bactéries, champignons et virus voient leur équilibre rompu lorsque notre alimentation les prive de fibres ou les expose à des substances toxiques. Une dysbiose, ou déséquilibre du microbiote, est désormais associée à un risque accru de diabète, de maladies cardiovasculaires, de cancers ou encore de troubles neurodégénératifs.

L’alimentation moderne, un cercle vicieux

Dans les pays occidentaux, l’alimentation contribue à ce cercle vicieux. Les produits ultratransformés, riches en sucres, graisses saturées et additifs, dominent désormais 35 % des apports caloriques, voire davantage chez les jeunes. Or, ces aliments sont pauvres en fibres, essentielles au bon fonctionnement du microbiote. En France, la consommation moyenne s’élève à seulement 20 grammes par jour, alors que les recommandations fixent un seuil à 30 grammes. Par ailleurs, près de 90 % de la population manque d’oméga-3, des acides gras cruciaux pour lutter contre l’inflammation.

Les pesticides, omniprésents dans l’alimentation, aggravent la situation. Selon des analyses citées par Futura Sciences, plus d’un aliment sur deux dans l’Union européenne contient des traces détectables de ces substances. Leur impact sur le microbiote est double : ils réduisent la diversité bactérienne et fragilisent la barrière intestinale, ouvrant la voie à des maladies chroniques. Les additifs alimentaires, tels que les émulsifiants ou certains édulcorants, jouent un rôle similaire. « Ces composés perturbent l’équilibre de notre flore intestinale et favorisent l’inflammation à bas bruit », souligne le chercheur.

One Health : une réponse systémique

Face à ces constats, l’approche « One Health » (« Une seule santé ») propose une vision intégrée, où la santé humaine ne peut être dissociée de celle des animaux et des écosystèmes. Ce concept, mis en avant lors du « One Health Summit » organisé à Lyon du 5 au 7 avril 2026, vise à renforcer la coordination internationale entre États, scientifiques et acteurs de terrain. L’objectif ? Prévenir les crises sanitaires en agissant à la fois sur les pratiques agricoles, l’alimentation et les politiques publiques.

Plusieurs pistes émergent pour rompre ce cercle vicieux. Côté agriculture, l’agroécologie et l’agriculture régénératrice prônent la diversification des cultures, la réduction des intrants chimiques et le maintien d’une couverture permanente des sols. Ces méthodes permettent de restaurer la biodiversité microbienne et de produire des aliments plus nutritifs. Du côté de l’élevage, reconnecter les animaux aux territoires via des systèmes herbagers améliore la qualité nutritionnelle des produits, notamment leur teneur en oméga-3. « Il ne s’agit plus seulement de réduire la quantité de viande consommée, mais de privilégier des systèmes d’élevage intégrés et durables », précise Michel Duru.

Les alternatives existent, mais leur adoption reste limitée

Pourtant, des solutions concrètes émergent. Les légumineuses, par exemple, réduisent les émissions de gaz à effet de serre tout en apportant des fibres bénéfiques pour le microbiote. Des produits animaux issus de systèmes herbagers ou enrichis en oméga-3 peuvent également contribuer à moduler l’inflammation chronique. Certains composants alimentaires, comme les fibres ou certaines algues, aident même à limiter l’absorption de toxiques et à renforcer la barrière intestinale. « Le microbiote intestinal joue un rôle central dans ces processus, transformant des composés indésirables et protégeant notre organisme », rappelle le chercheur.

Cependant, l’adoption de ces pratiques se heurte à des logiques économiques. L’agro-industrie, fondée sur la réduction des coûts et les économies d’échelle, privilégie les cultures spécialisées et les aliments ultratransformés, peu coûteux à produire mais néfastes pour la santé. De même, les élevages intensifs, souvent déconnectés des sols, contribuent à la déforestation et à la perte de biodiversité. « Tant que le système économique ne valorisera pas la qualité nutritionnelle et environnementale, les changements resteront limités », estime Michel Duru.

Longtemps cantonnée à une vision individuelle de la santé, la question se pose désormais à l’échelle des écosystèmes. Prendre soin de son intestin, c’est aussi préserver la vie des sols et des plantes. Une équation complexe, mais dont les enjeux n’ont jamais été aussi pressants.