Calculer le nombre de calories à partir des étiquettes alimentaires ne reflète pas toujours la réalité de ce que l’organisme absorbe. Selon Futura Sciences, une équipe de chercheurs américains vient de démontrer que le microbiote intestinal joue un rôle clé dans l’extraction d’énergie à partir des aliments. Leurs travaux, publiés dans la revue Plos One le 1er juin 2026, révèlent que les bactéries intestinales pourraient contribuer à hauteur de 140 calories par jour, soit environ 7,4 % de l’apport énergétique total.
Ce qu'il faut retenir
- Les étiquettes nutritionnelles sous-estiment l’apport calorique réel, car elles ignorent l’impact du microbiote intestinal.
- Un modèle mathématique, baptisé DAMM, a été développé pour évaluer la contribution des microbes à la digestion.
- Les régimes riches en fibres réduisent l’apport calorique net, malgré une activité microbienne accrue.
- Les acides gras à chaîne courte produits par le microbiote apportent des calories supplémentaires, absorbées par l’organisme.
- Les participants suivant un régime occidental ont consommé en moyenne 116 calories de plus par jour que ceux suivant un régime riche en fibres.
Pour Rosa Krajmalnik-Brown, directrice du Biodesign Center for Health Through Microbiomes à l’Université de l’État de l’Arizona, « la digestion n’est pas seulement un processus humain ; c’est une collaboration entre notre organisme et les milliards de microbes qui peuplent notre intestin ». Son équipe a mis au point le modèle DAMM (Digestion, Absorption et Métabolisme Microbien) pour quantifier cette contribution. « DAMM offre une nouvelle méthode puissante pour mesurer l’impact des partenaires microbiens sur l’équilibre énergétique », a-t-elle précisé.
Un modèle pour décrypter l’absorption réelle des calories
Jusqu’à présent, les calculs caloriques se basaient uniquement sur la teneur en protéines, glucides et lipides des aliments. Pourtant, le parcours des nutriments dans le tube digestif est bien plus complexe. « Notre organisme n’est pas une machine dans laquelle on introduit un carburant précis », rappellent les chercheurs. Les aliments traversent un écosystème bactérien composé de 100 000 milliards de micro-organismes, dont des bactéries, des champignons et des virus. Ces derniers modulent significativement la quantité de calories réellement absorbées.
Le modèle DAMM permet de suivre le devenir des aliments : ce qui est absorbé dans l’intestin grêle, ce qui atteint le côlon, et comment les bactéries transforment les résidus en molécules absorbables. « Nous avons décomposé les régimes en protéines, glucides et lipides, puis estimé l’énergie absorbée dans l’intestin grêle et celle produite par la fermentation microbienne dans le côlon », explique Rosa Krajmalnik-Brown. Résultat : 85 % de l’énergie est extraite dans la partie supérieure du tube digestif, et 15 % dans la partie inférieure, grâce à l’activité microbienne.
Fibres alimentaires et microbiote : un duo aux effets opposés
Les chercheurs ont testé deux régimes sur des adultes en bonne santé. Le premier, riche en fibres (légumes, légumineuses, céréales complètes) et en amidon résistant (pomme de terre ou riz froid), était pauvre en aliments transformés. Le second, dit « occidental », était pauvre en fibres et riche en produits industriels transformés. Les participants du régime occidental ont consommé en moyenne 116 calories de plus par jour que ceux du régime fibres, sans pour autant ressentir plus de satiété.
Pourtant, les régimes riches en fibres favorisent une activité microbienne accrue, produisant davantage d’acides gras à chaîne courte. Ces composés, absorbés par le côlon, apportent des calories supplémentaires à l’organisme. « Le modèle DAMM a prédit ces différences, et montré que malgré une production accrue d’acides gras, le régime riche en fibres réduit l’apport calorique net global », soulignent les auteurs. Autrement dit, les fibres stimulent le microbiote, mais limitent l’absorption totale de calories.
Un outil pour repenser la gestion du poids et les recommandations nutritionnelles
Les résultats de cette étude pourraient avoir des implications majeures pour la santé publique. « Ce modèle est bien plus performant que les méthodes standard pour évaluer les calories réellement absorbées », affirme Rosa Krajmalnik-Brown. Jusqu’à présent, les étiquettes nutritionnelles et les applications de comptage de calories ne tenaient pas compte de ce facteur microbien. Avec DAMM, il devient possible d’affiner ces calculs et de mieux comprendre l’impact réel de l’alimentation sur le poids et le métabolisme.
Les chercheurs envisagent d’appliquer ce modèle à d’autres études pour explorer les liens entre microbiote, maladies chroniques et santé métabolique. « Nous commençons à peine à comprendre comment nourrir notre microbiote pour optimiser notre santé », indique la scientifique. Si les fibres semblent jouer un rôle protecteur, d’autres questions restent en suspens : quel est l’impact d’un déséquilibre du microbiote sur l’obésité ou le diabète ? Comment adapter les recommandations nutritionnelles en conséquence ?
Cette découverte soulève aussi des questions sur l’adéquation entre les étiquettes nutritionnelles actuelles et la réalité biologique. Faut-il réviser les normes de calcul des calories ? Comment intégrer le rôle du microbiote dans les recommandations officielles ? Autant de pistes qui pourraient redéfinir notre approche de l’alimentation et de la santé à long terme.
Le modèle DAMM pourrait servir à affiner les calculs caloriques des étiquettes nutritionnelles, à personnaliser les régimes alimentaires en fonction du microbiote individuel, ou encore à évaluer l’impact de probiotiques et de prébiotiques sur la gestion du poids. À plus long terme, il pourrait inspirer des outils numériques intégrant l’analyse du microbiote pour des conseils nutritionnels plus précis.
