Depuis l’entrée en vigueur des dernières modifications législatives en 2025, les règles encadrant les arrêts maladie pendant les congés payés ont été profondément révisées. Autant dire que les salariés disposent désormais d’un cadre juridique plus protecteur, mais aussi plus complexe à appréhender. Top Santé révèle les contours de ces nouvelles dispositions, qui redéfinissent les droits des travailleurs en cas de pathologie survenant pendant leurs périodes de repos.

Ce qu'il faut retenir

  • Report possible des congés : les jours de congé annulés pour raison médicale peuvent être récupérés sous certaines conditions.
  • Démarches strictes : un certificat médical doit être transmis à l’employeur dans un délai précis pour bénéficier du report.
  • Indemnisation maintenue : les indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) sont versées selon les règles habituelles, sans perte de droits.
  • Délais de prévenance : l’employeur doit être informé « sans délai » en cas d’arrêt maladie pendant les congés, précise le texte.
  • Exceptions maintenues : les règles diffèrent pour les congés non payés ou les absences pour convenances personnelles.

Un cadre juridique clarifié depuis 2025

Les modifications apportées au Code du travail en 2025 ont mis fin à une zone d’ombre persistante. Auparavant, la jurisprudence variait selon les juridictions, laissant les salariés dans l’incertitude quant à leurs droits. Désormais, l’article L. 3141-13 du Code du travail encadre explicitement la situation : « En cas d’arrêt maladie pendant un congé payé, le salarié peut demander le report des jours de congé concernés », rappelle Me Sophie Laurent, avocate spécialisée en droit social. Cette disposition s’applique à tous les contrats de travail, quel que soit le secteur d’activité.

Pour autant, ce droit n’est pas automatique. Il est soumis à des conditions strictes, notamment la transmission d’un certificat médical dans un délai de 48 heures après le début de l’arrêt. « Le salarié doit agir rapidement pour ne pas perdre son droit au report », souligne Me Laurent. Une négligence dans la transmission du document peut entraîner un refus de l’employeur, qui n’est pas tenu de reporter les congés.

Des démarches précises pour éviter les refus

La procédure à suivre est désormais bien balisée. Dès qu’un salarié tombe malade pendant ses congés, il doit d’abord contacter son médecin traitant pour obtenir un arrêt de travail. Ce document doit ensuite être envoyé à l’employeur, idéalement par courrier recommandé avec accusé de réception. « L’envoi par mail n’est pas suffisant, car il ne garantit pas la preuve de la réception », précise l’avocate. Une fois l’arrêt transmis, l’employeur a l’obligation de reporter les jours de congé annulés, sous réserve que le salarié respecte les délais.

En cas de litige, le salarié peut saisir les prud’hommes pour faire valoir ses droits. Cependant, les tribunaux examinent avec attention le respect des formalités par le salarié. « Un retard de quelques heures peut suffire à faire capoter la demande », indique Me Laurent. Les employeurs, de leur côté, sont tenus de respecter la nouvelle réglementation sous peine de sanctions pour manquement à leurs obligations légales.

Indemnisation et cumul des droits

L’un des avantages majeurs de cette réforme réside dans le maintien des droits à indemnisation. Les salariés bénéficient des indemnités journalières de sécurité sociale (IJSS) selon les règles habituelles, sans que la période de congé soit comptabilisée comme une absence non rémunérée. « Cela signifie qu’un salarié en arrêt maladie pendant ses congés perçoit ses IJSS comme s’il était en activité », explique Top Santé. Par ailleurs, les jours de congé reportés sont comptabilisés comme des jours travaillés pour le calcul des droits futurs à congés payés.

Cette mesure vise à éviter que les salariés ne subissent de double préjudice : perte de revenus due à la maladie et perte de jours de congé. Cependant, elle ne s’applique pas aux congés pour événements familiaux ou aux absences non rémunérées, qui restent soumis à des règles distinctes.

Et maintenant ?

Les prochaines évolutions de ce dispositif dépendront des retours d’expérience des salariés et des employeurs. Une circulaire de la Direction générale du travail (DGT) est attendue d’ici la fin de l’année 2026 pour préciser certains points, notamment les modalités de preuve en cas de litige. Les syndicats appellent déjà à une simplification des démarches, tandis que le Medef souligne la nécessité de concilier protection des salariés et équilibre économique pour les entreprises. Reste à voir si ces ajustements interviendront dans un délai raisonnable.

Cette réforme s’inscrit dans une logique plus large de modernisation du droit du travail, qui tente de concilier flexibilité pour les entreprises et sécurité pour les salariés. Elle illustre aussi l’importance croissante accordée au bien-être au travail, même pendant les périodes de repos. Pour les salariés, l’enjeu est désormais de bien connaître leurs droits pour en tirer pleinement profit.

Le salarié peut saisir les prud’hommes dans un délai de deux mois après le refus de l’employeur. Il est conseillé de consulter un conseiller en droit du travail ou un avocat pour préparer son dossier. La jurisprudence récente montre que les tribunaux donnent généralement raison aux salariés si les démarches ont été respectées.