Un seul acide aminé suffit à transformer un coronavirus animal en menace pour l’humain

Une découverte récente révèle comment une modification minime dans la structure d’un virus animal peut le rendre dangereux pour l’espèce humaine. Selon Futura Sciences, des chercheurs internationaux ont identifié le mécanisme précis qui permet à certains coronavirus de passer des chauves-souris aux humains en déclenchant des réponses immunitaires radicalement différentes. Ces travaux, publiés dans la revue Cell Host & Microbe, apportent un éclairage inédit sur l’origine de la pandémie de Covid-19 et pourraient servir de base à des systèmes d’alerte précoce pour prévenir de futures zoonoses.

Un mécanisme moléculaire aux conséquences dramatiques

Depuis le début de la pandémie de Covid-19, les scientifiques s’interrogent sur la façon dont un virus aussi mortel pour l’humain a pu émerger à partir d’un coronavirus présent chez les chauves-souris. Selon Futura Sciences, la clé réside dans une protéine spécifique, baptisée OrfB9, dont une seule modification d’acide aminé suffit à basculer d’une réponse immunitaire protectrice à une absence totale de défense. « La différence entre un virus qui reste confiné aux chauves-souris et un virus qui se transmet à l’Homme et provoque une maladie catastrophique peut se résumer à des modifications génétiques remarquablement infimes », a déclaré Nevan Krogan, directeur de l’Institut de biosciences quantitatives de l’UCSF et auteur principal de l’étude.

Chez l’humain, la version du SARS-CoV-2 de cette protéine neutralise un mécanisme de défense clé, permettant au virus de se multiplier sans entrave. À l’inverse, chez la chauve-souris, la version naturelle de la protéine OrfB9 active une réponse immunitaire robuste qui élimine le pathogène. Une nuance d’un seul acide aminé sur une centaine suffit donc à transformer un agent inoffensif en une menace pandémique.

Comment le SARS-CoV-2 a franchi la barrière d’espèces

Les coronavirus sont endémiques chez les chauves-souris, qui servent de réservoir naturel à de nombreux pathogènes. Selon l’Institut Pasteur, les premiers cas de SARS-CoV-2 détectés près du marché de Wuhan en Chine plaident en faveur d’une transmission naturelle depuis un hôte intermédiaire, vraisemblablement un pangolin. Cette hypothèse, dite « zoonotique », est aujourd’hui la plus largement acceptée par la communauté scientifique. « Nous avons cartographié les interactions entre ces virus et les protéines immunitaires des cellules pulmonaires de chauve-souris et d’humains », explique Krogan. « Cela nous permet d’identifier des signatures moléculaires qui pourraient prédire le risque de transmission interespèces ».

Cette découverte s’inscrit dans un contexte plus large de recherche sur les zoonoses, ces maladies transmises par les animaux. Des épidémies comme le SRAS ou la grippe aviaire ont montré à quel point ces passages d’espèces peuvent avoir des conséquences sanitaires et économiques dévastatrices. L’étude des coronavirus illustre ainsi la vulnérabilité des sociétés modernes face à des pathogènes autrefois cantonnés à des écosystèmes spécifiques.

Une avancée pour les systèmes d’alerte précoce

Au-delà de la compréhension du SARS-CoV-2, ces travaux ouvrent des perspectives pour anticiper d’éventuelles futures pandémies. En identifiant les mécanismes moléculaires qui rendent un virus dangereux pour l’humain, les chercheurs espèrent mettre au point des outils de surveillance plus efficaces. « Nous avons besoin de systèmes d’alerte précoce capables de détecter, dès leur séquence génétique, les virus à risque de franchir la barrière d’espèces », souligne Krogan. Ces outils pourraient notamment s’appuyer sur des bases de données comparatives entre virus animaux et humains, couplées à des modèles prédictifs.

Cette approche rejoint les recommandations de l’Organisation mondiale de la santé (OMS), qui insiste depuis des années sur la nécessité de renforcer la surveillance des zoonoses. Les pandémies récentes ont montré que les coûts humains, sociaux et économiques de ces événements dépassent largement les investissements nécessaires à leur prévention. Les chercheurs rappellent d’ailleurs que près de 75% des maladies émergentes chez l’humain sont d’origine animale.

Ce que l’on sait de la transmission du SARS-CoV-2

Si l’origine exacte du SARS-CoV-2 reste officiellement incertaine, les preuves s’accumulent en faveur d’une transmission naturelle depuis un réservoir animal. Comme le rapporte Futura Sciences, le marché de Wuhan, où les premiers cas humains ont été détectés fin 2019, abritait une grande variété d’espèces animales vivantes, dont des pangolins et des chauves-souris. Les analyses génétiques suggèrent que le virus aurait pu résulter d’une recombinaison entre deux coronavirus, l’un provenant de chauves-souris et l’autre de pangolins.

Cette hypothèse a été renforcée par des études ultérieures, dont certaines publiées par l’Institut Pasteur, qui ont écarté la thèse d’un accident de laboratoire. « Les données génomiques disponibles ne soutiennent pas l’hypothèse d’une manipulation en laboratoire », a précisé un porte-parole de l’institut. Ces conclusions confortent l’idée que les zoonoses représentent une menace majeure, liée à l’expansion des activités humaines dans les écosystèmes naturels.

Les limites et défis de la recherche

Malgré ces avancées, plusieurs questions persistent. Les scientifiques ignorent encore comment le SARS-CoV-2 a réussi à franchir la barrière d’espèces de manière aussi efficace. Certains chercheurs évoquent la possibilité d’une adaptation progressive du virus à l’humain, tandis que d’autres penchent pour un événement de transmission unique, suivi d’une propagation rapide dans une population immunologiquement naïve. « Nous commençons seulement à comprendre les subtilités de ces interactions », reconnaît Krogan.

Par ailleurs, les outils de prédiction développés grâce à cette étude nécessiteront des validations à grande échelle avant de pouvoir être déployés opérationnellement. Les défis techniques et éthiques ne manquent pas, notamment en ce qui concerne la collecte et le partage des échantillons viraux entre pays. Pour l’heure, les chercheurs insistent sur l’urgence de renforcer les systèmes de surveillance passive, notamment dans les régions où les contacts entre humains et animaux sauvages sont fréquents.