Pour la première fois, des chercheurs ont réussi à détecter simultanément l’intégralité des principaux virus oncogènes humains dans les eaux usées, comme le rapporte Euronews FR. Cette découverte, publiée dans la revue Applied and Environmental Microbiology, ouvre des perspectives inédites pour la prévention des cancers et le suivi des infections à risque au sein des populations. Menée entre mai 2022 et mai 2025, l’étude coordonnée par Anthony Maresso et Justin Clark (Baylor College of Medicine) et l’University of Texas Health Science Center at Houston marque un tournant dans la surveillance épidémiologique.

Ce qu'il faut retenir

  • Une étude pionnière a identifié tous les principaux virus oncogènes humains dans les eaux usées, dont le HPV, les virus des hépatites B et C, et le virus d’Epstein-Barr.
  • Les chercheurs ont analysé des échantillons collectés sur 40 sites répartis dans 16 villes du Texas, couvrant un quart de la population de l’État.
  • Les virus oncogènes seraient responsables d’environ 20 % des cancers dans le monde, selon les auteurs.
  • Une hausse significative de certains virus, dont le HPV et le virus d’Epstein-Barr, a été observée après 2024, possiblement liée à la fin des restrictions sanitaires post-Covid-19.
  • La technologie « hybrid-capture », capable de détecter plus de 3 000 virus en un seul test, a été utilisée pour ces analyses.
  • Les chercheurs suggèrent d’utiliser cette méthode pour évaluer l’efficacité des campagnes de vaccination, comme celle ciblant le HPV via le vaccin Gardasil 9.

Une méthode innovante pour traquer les virus à risque

Les chercheurs ont exploité une technologie de séquençage génétique avancée, la « hybrid-capture », afin d’identifier simultanément plus de 3 000 virus humains dans les eaux usées. Cette approche, appliquée à des prélèvements effectués sur plus de 40 sites répartis dans 16 villes du Texas, a permis de suivre l’évolution de ces pathogènes sur trois ans. « Notre étude montre qu’il est possible de suivre les virus associés aux cancers grâce aux eaux usées », a souligné Anthony Maresso, professeur de virologie moléculaire et de microbiologie au Baylor College of Medicine. « Cela ouvre de nouvelles possibilités pour mieux comprendre la relation entre ces virus et la population humaine. »

Des virus oncogènes responsables d’un cancer sur cinq dans le monde

Selon les auteurs, les virus oncogènes seraient impliqués dans environ 20 % des cancers diagnostiqués mondialement. Parmi les plus connus figurent le papillomavirus humain (HPV), responsable de cancers du col de l’utérus et de la gorge, ainsi que les virus des hépatites B et C, liés au carcinome hépatique. « Les virus oncogènes peuvent provoquer environ un cancer sur cinq à l’échelle mondiale », a expliqué Maresso. « Comme ces infections restent souvent asymptomatiques pendant des années, voire des décennies, beaucoup de personnes ignorent qu’elles sont infectées jusqu’à l’apparition du cancer. » Cette particularité rend particulièrement complexe la mise en place de stratégies de prévention précoce.

Parmi les virus identifiés dans l’étude, on retrouve également les polyomavirus associés à certains cancers, le virus d’Epstein-Barr (lié à des lymphomes) et l’herpèsvirus associé au sarcome de Kaposi. Tous ces pathogènes ont été détectés dans les échantillons analysés, confirmant la pertinence de cette méthode de surveillance.

Une augmentation post-2024 qui interroge

L’analyse des données a révélé une hausse marquée de plusieurs virus oncogènes après 2024, notamment pour le HPV, le virus d’Epstein-Barr et certains polyomavirus. Les causes de cette progression ne sont pas encore élucidées, mais les chercheurs évoquent plusieurs hypothèses. « Les causes de cette hausse ne sont pas encore claires, mais elles pourraient être liées à la reprise des voyages, à l’augmentation des contacts interpersonnels et à la fin des mesures de distanciation introduites pendant la pandémie de Covid-19 », a précisé Justin Clark, coauteur de l’étude. Cette observation soulève des questions sur l’impact des changements comportementaux post-pandémie sur la circulation des pathogènes.

Le cas particulier du papillomavirus humain (HPV)

Une attention particulière a été portée sur le HPV, virus pour lequel il existe des centaines de variants. Parmi eux, seuls quelques-uns sont considérés comme à haut risque oncologique. « Il existe des centaines de types d’HPV, mais seuls certains sont considérés comme à haut risque oncologique », a expliqué Justin Clark. « HPV-16 et HPV-18 sont à l’origine de plus de 70 % des cancers du col de l’utérus dans le monde. » L’étude a montré que les variants à faible risque étaient les plus répandus, mais que les variants à haut risque ont enregistré une progression significative entre fin 2024 et début 2025. Le variant HPV-16 s’est avéré constamment plus fréquent qu’HPV-18, en accord avec les données cliniques internationales.

Un autre aspect notable concerne le vaccin Gardasil 9, qui cible neuf types de HPV. Les chercheurs ont identifié ces neuf variants dans les eaux usées, suggérant que cette méthode pourrait, à l’avenir, servir à évaluer l’efficacité des campagnes de vaccination dans la population générale. « Cela pourrait permettre à l’avenir d’utiliser la surveillance environnementale pour évaluer aussi l’efficacité des campagnes de vaccination dans la population réelle », a indiqué Maresso.

Et maintenant ?

Cette étude ouvre la voie à une surveillance environnementale des virus oncogènes, complémentaire aux méthodes traditionnelles. Les chercheurs envisagent d’étendre cette approche à d’autres régions et d’affiner les analyses pour mieux comprendre les facteurs favorisant la circulation de ces pathogènes. À terme, cette méthode pourrait contribuer à adapter les stratégies de prévention et de vaccination en fonction des tendances épidémiologiques observées. Reste à voir si les autorités sanitaires intégreront ces données dans leurs plans de lutte contre les cancers d’origine virale.

Une avancée qui pourrait transformer la prévention des cancers

Jusqu’à présent, la détection des infections oncogènes reposait principalement sur des tests individuels, souvent réalisés tardivement. La surveillance via les eaux usées pourrait permettre un suivi en temps réel et une réponse plus rapide face à l’émergence de nouveaux variants ou à une augmentation des cas. « Notre étude montre qu’il est possible de suivre les virus associés aux cancers grâce aux eaux usées », a conclu Maresso. « Cela ouvre de nouvelles possibilités pour élaborer des stratégies de santé publique plus efficaces. »

Pour autant, cette méthode ne remplace pas les outils de diagnostic existants, mais elle pourrait devenir un complément précieux pour les autorités sanitaires. L’enjeu sera désormais de standardiser cette approche et de l’adapter à différentes échelles géographiques. Les prochaines étapes incluront probablement des études similaires dans d’autres régions des États-Unis ou à l’international, afin de valider la reproductibilité de ces résultats.

Les eaux usées reflètent l’activité virale de l’ensemble d’une population, y compris les personnes asymptomatiques. Cette méthode permet un suivi global et non invasif, contrairement aux tests individuels, souvent réalisés tardivement. Les chercheurs ont ainsi pu détecter la présence de virus comme le HPV ou le virus d’Epstein-Barr, même en l’absence de symptômes cliniques.

Théoriquement, oui. La technologie utilisée, le séquençage génétique « hybrid-capture », est déjà déployée dans certains laboratoires. Cependant, son application à grande échelle nécessiterait une adaptation des infrastructures de traitement des eaux usées et une coordination entre les autorités sanitaires. Des discussions pourraient s’engager dans les mois à venir pour explorer cette piste en Europe.